Die Gestaltung und Durchführung eines Versuchs hängt sehr von der jeweiligen Fragestellung ab. Um herauszufinden, auf welche Reize Nervenzellen in einem bestimmtem Hirnareal reagieren, reicht es häufig aus, ein Tier zu narkotisieren und mit Mikroelektroden einzelne Nervenzellen zu untersuchen. Unter Umständen kann der Versuch so gestaltet werden, dass es gar nicht mehr aus der Narkose aufwachen muss. Damit wird die Belastung des Tieres möglichst gering gehalten. Möchte man hingegen erforschen, welche Hirnareale besonders gut auf bestimmte Reize aktiv werden, kann ein narkotisiertes Tier für einige Stunden im Kernspintomographen untersucht und anschließend wieder aufgeweckt werden.

Bei der Untersuchung kognitiver Funktionen dagegen muss das Tier wach sein, um eine bestimmte Aufgabe lösen zu können. Welche Technik man zur Messung der Hirnaktivität verwendet, hängt dann davon ab, ob man die räumliche Ausdehnung von Nervennetzwerken untersuchen möchte oder eher die zeitliche Koordination von vielen Nervenzellen. Anfangs wird das Tier an die entsprechende Laborumgebung gewöhnt und erst wenn es sich ausreichend wohl fühlt, beginnt das eigentliche Training. Durch positive Verstärkung in Form von Wasser oder Saft lernt der Affe eine kognitive Aufgabe zu lösen, was je nach Schwierigkeit mehrere Monate bis zu einem Jahr dauern kann. Sobald der Affe die Aufgabe erfolgreich bearbeitet, wird das eigentliche Experiment durchgeführt und die Hirnaktivität während der Lösung der Verhaltensaufgabe gemessen. Sowohl in der Zeit des Trainings als auch während den einzelnen Messungen erfolgen ausreichend Erholungsphasen, in denen das Tier nicht arbeitet. Ein gut trainiertes Tier kann über mehrere Jahre in verschiedenen Experimenten eingesetzt werden. Dies erlaubt es nicht nur komplexe kognitive Funktionen über verschiedene Verarbeitungsstufen im Gehirn zu verfolgen, sondern hilft auch die Gesamtzahl der benötigten Tiere zu reduzieren.

Obwohl das Tier regelmäßig arbeiten muss, erhält es ausreichend Erholungsphasen. So verliert es nicht die Motivation am Experiment. Ein Affe wird sich niemals zu einer Aufgabe zwingen lassen und konzentriert mitarbeiten, wenn er sich unwohl oder gestresst fühlt.

Wie oben beschrieben erhält der Affe Wasser oder Saft als Anreiz, wenn er eine Aufgabe richtig löst. Dies bedeutet aber nicht, dass er über längere Zeiträume dursten muss, wenn er nicht kooperiert. Es ist ein Zustand, an dem der Affe aufgrund seiner Physiologie gut angepasst ist: Auch in der Natur müssen seine Artgenossen manchmal längere Zeit ohne Wasser auskommen, bis sie die nächste Wasserstelle gefunden haben. Eine kurzfristige Wasserdeprivation wird von unseren Tierärzten und -pflegern am Institut genau überwacht. Neben Wasser und Saft erhalten unsere Tiere eine weitere Flüssigkeitszufuhr über ihr tägliches Frischfutter in Form von Obst und Gemüse.